Phần chơi chiến dịch bắt đầu khi người chơi được gửi đến quản lý một thái ấp được Hoàng đế ban tặng cho anh ta, ở phương Tây. Hoàng đế không được khỏe và Lord Richard Northburgh, anh em họ và thủ quỹ của Hoàng đế, đang xây dựng một Nhà thờ chính tòa tráng lệ để cầu nguyện cho sức khỏe của Hoàng đế. Trong khi đó, Đức Hồng Y Lucius đang chuẩn bị cho một cuộc Thập tự chinh chống lại người Saracen của phương Đông, được sự hỗ trợ bởi Guy Forcas.

Trong một vài chương đầu của chiến dịch, người chơi tìm hiểu những điều cơ bản về chơi trò chơi và kinh tế bằng cách hỗ trợ Northburgh và Forcas thực hiện các nhiệm vụ cung cấp và xây dựng, cũng như gặp gỡ một số nhân vật chính khác.

Khi các tàu Thập tự quân rời bến cảng, Northburgh bắt đầu khám phá ra manh mối của một âm mưu bí ẩn. Anh ta và người chơi đi đến phương Đông và kết bạn với Đại Vizia của Sultan, Al Zahir, người giúp người chơi đánh bại một nhóm Cướp biển và phá vỡ một kế hoạch buôn bán trẻ em. Cốt truyện dày lên khi các manh mối tiếp tục tiết lộ rằng một nhân vật chính có liên quan đến một âm mưu độc ác nhằm lật đổ chính Hoàng đế. Bởi vì anh ta đến quá gần với sự thật, Lord Northburgh bị bắt và người chơi có nhiệm vụ làm sáng tỏ bí ẩn.

Trong nhiều chương tiếp theo, người chơi phải chiến thắng các đồng minh mới, thuyết phục các nhà lãnh đạo của Thập tự quân rằng họ đang bị thao túng dưới sự giả vờ sai lầm, và sống sót trong hoàn cảnh tàn khốc để đánh bại kẻ ác và khôi phục Hoàng đế về đúng vị trí của mình.

Chiến dịch được chia thành tám chương và mỗi chương có thể trải qua 3 mức khó khác nhau: dễ, trung bình và khó. Ngoài các yếu tố cốt truyện, chiến dịch đóng vai trò là một hướng dẫn để chuẩn bị cho người chơi các kịch bản khắt khe hơn và các phần chơi liên tục.

Tất cả các nhân vật chính gặp phải trong chiến dịch cũng gặp phải trong chế độ kịch bản và có thể được chọn làm đối thủ máy tính trong các trò chơi liên tục, mặc dù hành động của các nhân vật trong chiến dịch không liên quan đến hành động của họ trong các chế độ này ngoài việc có tính cách tương tự. Lord Northburgh và Al Zahir đóng vai trò là cố vấn và đối tác thương mại trong các chế độ khác, giống như họ làm trong chiến dịch.